Par leur richesse en habitats et en espèces, leur rôle d’infrastructure naturelle, leur place comme support d’activités et cadre de vie de qualité, les zones humides sont des espaces à forts enjeux écologique, économique et social. A ce titre, l’Etat Français s’est engagé à mettre en œuvre de nombreux dispositifs visant leur préservation: Plan d’action en faveur des zones humides, LEMA, LDTR, SDAGE, SAGE, Natura 2000, Trames bleues et vertes du Grenelle II… En outre, les zones humides, peu prises en compte dans la DCE où la notion de masses d’eaux est prépondérante, n’en demeurent pas moins un élément clé de l’atteinte du Bon Etat à l’horizon 2015-2021 (fonds de vallées alluviales, marais littoraux…).
 Les zones humides constituent une interface entre les milieux terrestres et aquatiques. La caractérisation des conditions biotiques et abiotiques de ces masses d’eau constitue une étape essentielle dans la compréhension du fonctionnement de ces écosystèmes. Le besoin de développement d’indicateurs adaptés aux zones humides pour appuyer la mise en  œuvre des différents dispositifs engagés par l’Etat, a déjà été identifié lors de l’élaboration du nouveau plan d’action national en faveur des zones humides. Il s’est traduit par l’inscription de l’action n°16 visant « à traduire le fonctionnement des zones humides en fonctions écologiques (autoépuration…) et à développer des indicateurs fonctionnels sous-tendant l’évaluation des services rendus ».
Toutefois, bien que les marais côtiers soient identifiés comme zone humide d’intérêt, les connaissances s’y rapportant sont relativement restreintes. Pour pallier à ce manque d’information, l’UNIMA et ses partenaires ont mis en place dès 2003 un réseau patrimonial de suivi des eaux superficielles des marais de Charente-Maritime. Basé sur un protocole d’échantillonnage et des paramètres inspirés par les outils nationaux développés pour l’étude des rivières  (SEQ-Eau), ce réseau permettait à l’origine d’acquérir des données sur un ensemble de 71 stations réparties sur l’ensemble du département.
L’absence de référentiel auquel comparer ces données associée à la complexité inhérente à ces systèmes a rapidement conduit l’UNIMA à mettre en place un partenariat technique auprès du monde universitaire. Cette collaboration s’est notamment concrétisée sous la forme d’une thèse de doctorat.